Fiziko-kimyasal Özellik Temelli Alfa Heliks İlişkili Fonksiyonel Motiflerin Saptanması

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, BAP Araştırma Projesi, 2025 - 2026

Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje
Destek Programı: BAP Araştırma Projesi
Başlama Tarihi: Mayıs 2025
Bitiş Tarihi: Aralık 2026

Proje Özeti

Proteinlerin üç boyutlu yapılarının oluşumunda alfa heliks gibi sekonder yapıların belirleyici rol oynadığı bilinmektedir. Alfa heliks yapılar, polipeptit zincirinin düzenli olarak sağa dönüşlü spiral form alması ve bu yapının hidrojen bağlarıyla stabilize edilmesiyle oluşur. Bu yapıların oluşumu, amino asit dizilimi, çevresel koşullar ve moleküler şaperonlar gibi faktörlerden etkilenmektedir. Literatürde, belirli amino asitlerin (alanin, glutamat, lizin) heliks oluşumunu desteklediği; prolin ve glisin gibi amino asitlerin ise bu yapıyı bozduğu gösterilmiştir. Alfa heliks yapısını indükleyen veya stabilize eden bazı spesifik diziler, istatistiksel analizler ve deneysel yöntemlerle belirlenmiştir. EAAAK, AEAAK, MALEK gibi motifler, heliks stabilitesini artırma potansiyeline sahiptir. Bu dizilerde, elektrostatik uyum, hidrojen bağı potansiyeli ve sterik faktörler önemli rol oynamaktadır. Son yıllarda yapay zekâ ve derin öğrenme algoritmaları, geniş protein veri kümeleri üzerinde eğitilerek heliks oluşumunu tahmin etmede yüksek doğruluk oranlarına ulaşmıştır. Bu gelişmeler sayesinde, doğada henüz gözlenmemiş potansiyel heliks dizilerinin öngörülmesi mümkün hale gelmiştir. Alfa heliks yapısını belirleyen dizilerin keşfi, yalnızca protein katlanmasının temel ilkelerini anlamaya katkı sağlamakla kalmamakta, aynı zamanda yapay protein tasarımı, ilaç geliştirme ve biyoteknolojik uygulamalarda da yenilikçi çözümler sunmaktadır.